Nemocnice Znojmo je držitelkou několika významných certifikátů.
Certifikát bezpečnosti a kvality České společnosti pro akreditaci ve zdravotnictví. Akreditace hodnotí především odbornou péči, ale současně posuzuje i technické zabezpečení a celkové zázemí nemocnice. V prosinci 2022 nemocnice certifikát obhájila a byl prodloužen do roku 2025.
Gynekologicko-porodnické oddělení v roce 2023 obhájilo certifikaci Centra pro léčbu endometriózy a stalo se vědeckým centrem. V dubnu 2014 stalo vůbec prvním klinickým pracovištěm ve východní Evropě mimo německy mluvící země, které získalo certifikát centra pro komplexní léčbu endometriózy. Primář oddělení Dr. Chvátal je zároveň členem pracovní skupiny, která se podílí na přípravě doporučených postupů diagnostiky a léčby endometriózy s celoevropskou působností.